Kommunestyret har 21 faste medlemmer og er kommunens øverste myndighet, og bestemmer hvilke råd og utvalg kommunen skal ha.
Formannskapet består av 7 faste medlemmer som også er Administrasjonsutvalg som bl.a. behandler saker som gjelder forholdet mellom kommunen som arbeidsgiver og de ansatte. Administrasjonsutvalget består også av representanter fra arbeidstakerorganisasjonene.
Det er tre hovedutvalg som har ansvar for "sine" respektive områder. De tre hovedutvalgene har hver 7 medlemmer og er:
Oppvekst og omsorgsutvalget - Plan og miljøutvalget - Miljø, natur og utvikling.

Styrer, råd og utvalg
 

Kommunestyret

Formannskap

Oppvekst og omsorgsutvalget

Plan, teknikk og landbruk (Plan og miljøutvalget)

Miljø, natur og utvikling (Viltutvalg)

Kontrollutvalget

Ungdomsrådet

Arbeidsmiljøutvalget

Administrasjonsutvalg

Eldreråd og råd for mennesker med nedsatt funksjonsevne

Politiråd

Klagenemnd

Konfliktrådet i Østfold

Forliksrådet

Eierskap og samarbeid

Marker kommune har inngått avtaler til vertskommunesamarbeid mellom Indre Østfold kommune som samarbeidskommune på følgende:

Avlastningshjemmet

Barnevernsvakta

Indre Ø Krisesenter

Miljørettet helsevern

Mortenstua skole

Oppfølging og tilsyn med fosterhjem

Veterinærvakt

Legevakt

Kommunalt akutt døgntilbud og plasser for utskrivningsbare pasienter

Kartforvaltning

Østfold Interkommunale Skadefellingslag

Migrasjonssenteret avdeling voksenopplæring

Vertskommuneavtale mellom Marker og Aremark kommune:

Viltvakt

Vertskommuneavtale mellom Marker og Skiptvet kommune:

Avtale om administrativt vertskommunesamarbeid om felles NAV-kontor (vedtatt i Kommunestyret 23.03.21 sak 21/022)

Samarbeidsavtale:

Indre Østfold interkommunale politiske råd (Indre Østfold regionråd)

Selskapsavtaler:

Indre Østfold Renovasjon IKS

Indre Østfold Brann og Redning IKS

Arkiv Øst

Driftsassistansen i Viken IKS